матрица подмножества из списка
80
7
Я пытаюсь подмножить матрицу, где имена ростов в этом формате - "chr8: 56979853-56987069_RPS20_ENSG00000008988.5"
И я попытался подойти так;
include_list <- c("RPS20", "VIL1", "KRT20", "CLDN7")
goi <- subset(mat2, rownames(mat2) %like% include_list)
Однако он ошибается, поскольку шаблон принимает только первый элемент. Есть ли способ подмножества списка элементов. Любая помощь приветствуется.
спросил(а)
2 года, 7 месяцев назад
добавить комментарий
пожаловаться
Решение
57
out <- c()
for (x in include_list) {
check_each <- rownames(mat2)[rownames(mat2) %like% include_list]
out <- c(out, check_each)
}
goi <- subset(mat2, rownames(mat2) %in% out)
обратите внимание, что% like% - это пакет DescTools, или вы можете использовать базу R:
out <- c()
for (x in include_list) {
check_each <- rownames(mat2)[grepl(x, rownames(mat2))]
out <- c(out, check_each)
}
goi <- subset(mat2, rownames(mat2) %in% out)
ответил(а)
2 года, 7 месяцев назад
добавить комментарий
пожаловаться
Ваш ответ