Итерировать файлы в Linux с разными номерами в заголовке

76
9

Я хотел бы перебрать несколько файлов в моем каталоге в linux, которые выглядят следующим образом:

SRR057629_1.fastq.gz SRR057629_2.fastq.gz SRR057630_1.fastq.gz     
SRR057630_2.fastq.gz SRR057631_1.fastq.gz SRR057631_2.fastq.gz
SRR057632_1.fastq.gz SRR057632_2.fastq.gz SRR057633_1.fastq.gz
SRR057633_2.fastq.gz

Задача для меня в том, что мне потребуется SRR..._1 и SRR..._2 качестве входных данных для одной команды (tophat2), а затем взять следующую пару SRR***_1 и SRR***_2 для той же команды, В принципе это будет выглядеть так:

tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens /UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome SRR057636_1.fastq.gz SRR057636_2.fastq.gz
tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome SRR057637_1.fastq.gz SRR057637_2.fastq.gz

Итак, как я могу изменить эти цифры (полужирный) для каждой команды?

SRR0576**29**_1.fastq.gz

SRR0576**29**_1.fastq.gz

С наилучшими пожеланиями, Саймон

спросил(а) 2021-01-19T13:05:54+03:00 2 месяца, 3 недели назад
1
Решение
62

for a in *_1.fastq.gz; do
tophat2 -G /Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf /Homo_sapiens /UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome $a ${a/_1/_2}
done

ответил(а) 2021-01-19T13:05:54+03:00 2 месяца, 3 недели назад
Ваш ответ
Введите минимум 50 символов
Чтобы , пожалуйста,
Выберите тему жалобы:

Другая проблема